社団医療法人と財団医療法人
医療法人には、人の集まりを基礎とする「社団医療法人」と、財産の寄附を基礎とする「財団医療法人」があります。診療所の法人化など、医療法人の大部分は社団医療法人です。
持分のある医療法人・持分のない医療法人
かつては、出資者が退社や解散のときに出資の割合に応じて払い戻しを受けられる「持分のある医療法人」が多くありました。2007年4月の医療法の改正で、新しく設立できる社団医療法人は「持分の定めのない医療法人」に限られています。
新しく設立する場合は、出資ではなく「基金」の拠出によって財産を用意する「基金拠出型医療法人」が一般的です。基金は、定款の定めに従って拠出した額を返還するもので、法人の財産が増えても、拠出額を超えて返還されることはありません。
2007年3月までに設立された持分のある医療法人（出資額を限度に払い戻す「出資額限度法人」を含む）は、経過措置として、今もそのまま存続しています。
一人医師医療法人
常勤の医師（歯科医師）が1人または2人の診療所を開設する医療法人を、便宜上「一人医師医療法人」と呼びます。1985年の医療法の改正で、常勤医師が1人でも医療法人を設立できるようになりました。医療法人の多くはこの形です。法律上は、設立の手続きや権利・義務について、ほかの医療法人と違いはありません。
役員は原則として理事3人以上・監事1人以上が必要ですが、医師（歯科医師）が常時1人または2人勤務する診療所だけを開設する医療法人は、都道府県知事の認可を受ければ、理事を1人または2人にできます。
社会医療法人
救急医療やへき地医療など、地域で特に必要な医療を担うとして、都道府県知事の認定を受けた医療法人です。一定の収益業務を行うことができ、税制の優遇もあります。2007年の医療法の改正でできた制度です。
特定医療法人
公益性が高いとして、国税庁長官の承認を受けた医療法人です。法人税に軽減税率が適用されます。持分のない医療法人であることや、役員の同族の制限、給与の上限など、租税特別措置法の要件を満たす必要があります。
※以前あった「特別医療法人」は、2012年3月末で廃止され、社会医療法人の制度に移っています。
種類ごとの違いは、医療法人の種類の比較表もご覧ください。